Футбольная команда в Могилёве была основана в 1960 году под названием «Химик» и представляла могилёвский завод искусственного волокна им. В. В. Куйбышева.
В августе 1963 года она была передана в ведение областного совета ДСО «Спартак» и под названием «Спартак» выступала до середины 1973 года. С августа 1973 года команда стала называться «Днепр» и была передана на баланс производственного объединения «Химволокно» им. В. И. Ленина. Команда играла в западной зоне второй лиги чемпионата СССР, высшим достижением в которой был выход в первую лигу.
В 1982 году клуб под руководством Анатолия Байдачного выиграл свою зону, а затем и финальный раунд между победителями зон и вышел в первую лигу чемпионата СССР. Однако в сезоне 1983 года клуб не смог сохранить место и вернулся во вторую лигу, где играл до распада СССР. При этом вылет произошел из-за нестандартного регламента первенства — наличие лимита в 12 ничьих за сезон, а «Днепр» сыграл за сезон 13 ничейных матчей, из-за чего потерял одно очко, что не позволило команде занять спасительное 19-е место, доставшееся в итоге хабаровскому СКА.
В 1992 году «Днепр» присоединился к белорусской Высшей лиге и в первом же сезоне стал вице-чемпионом и финалистом Кубка.
В 1998 году клуб был переименован в «Днепр-Трансмаш» и под руководством Валерия Стрельцова сходу стал чемпионом Беларуси.
С 2006 года команда вновь стала называться «Днепр» и в 2009 под руководством Андрея Скоробогатько сумела завоевать бронзовые медали Высшей лиги.
Благодаря третьему месту «Днепр» в следующем году принял участие в квалификации Лиги Европы. Команда на своем пути прошла албанский «Лячи» (7:1, 1:1), норвежский «Стабек» (1:1; 2:2) и чешский «Баник» (1:0, 2:1). И только лишь испанский «Вильярреал» в раунде плей-офф сумел остановить могилевчан (1:2, 0:5).
В сезоне-2011 клуб занял последнее 12 место в Высшей лиге и вылетел в Первую. Могилевчане под руководством Вячеслава Геращенко выиграли второй по силе дивизион, и в следующем году «Днепр» вернулся в Высшую лигу.
В 2014 году команда снова заняла 12 место в Высшей лиге, в стыковых матчах проиграла «Витебску» (0:2, 1:1) и вылетела в Первую лигу.
С первой попытки клуб не сумел добыть путевку в сильнейший дивизион, и только в 2016 году команда под руководством Александра Седнева заняла второе место в Первой лиге и смогла вернуться в Высшую лигу.
По итогам сезона-2018 «Днепр» снова занял последнее место. Однако в начале 2019-го стало известно об объединение могилевского клуба и столичного «Луча». В итоге команда была переименована в «Дняпро» и приняла участие в Высшей лиге.
По итогам чемпионата команда под руководством Ивана Биончика заняла 14 место, а в стыковых матчах в серии пенальти уступила брестскому «Руху» и вылетела из Высшей лиги.
В 2020 году клуб был реорганизован и объединен со СДЮШОР №7, а команда была заявлена во Вторую лигу. В итоге клуб под руководством Игоря Чумаченко сходу выиграл третий по силе дивизион и завоевал повышение в классе.
Однако в следующем году могилевчане заняли лишь 5 место в Первой лиге и не сумели выйти в Высшую.
В начале 2022 года стало известно о расформировании брестского «Руха». В итоге «Днепр» всё-таки попал в Высшую лигу, но занял 16 место и вылетел обратно в Первую.
В 2023 году могилевчане под руководством Вячеслава Геращенко заняли второе место в Первой лиге и добились повышения в классе.
Однако в сезоне-2024 «Днепру» не удалось сохранить прописку в сильнейшем дивизионе. Команда заняла 15 место в Высшей лиге и вылетела в Первую.
